Im Jahr 1807 zog Napoleons Armee während des Feldzugs gegen Russland und Preußen durch Allenstein. Der Aufenthalt Napoleons Bonaparte in der Stadt dauerte nur einen einzigen Tag – den 3. Februar 1807 –, hinterließ jedoch deutliche Spuren in der Geschichte der Region. Sein Besuch war Teil des sogenannten Winterfeldzugs gegen die russischen und preußischen Truppen.
Die Gefechte bei Jonkowo und Allenstein brachten keine Entscheidung. Erst wenige Tage später kam es zur blutigen Schlacht bei Preußisch Eylau. Einige Monate danach, im Juli 1807, entschied Kaiser Napoleon Bonaparte nach seinem endgültigen Sieg über die russische Armee bei Friedland, aus den preußischen Gebieten der zweiten und dritten Teilung Polens das Herzogtum Warschau zu errichten.
In diesem Zusammenhang ist erwähnenswert, dass das Ermland mit Allenstein bereits im Zuge der ersten Teilung Polens von der Republik Polen getrennt worden war. Deshalb gehörte die Region nicht zum neu gegründeten Herzogtum Warschau.
Obwohl der Aufenthalt der napoleonischen Truppen für Frankreich militärisch erfolgreich war, bedeutete er für Allenstein und das Ermland eine humanitäre und wirtschaftliche Katastrophe. Die Stadt, die damals nur etwa zweitausend Einwohner zählte, musste Tausende Soldaten und Kriegsgefangene versorgen. Dies führte zu Armut, Hungersnot und Seuchen, denen schließlich nahezu ein Viertel der damaligen Bevölkerung Allensteins zum Opfer fiel.
