Der erste Bau der Kathedrale des Patriarchats, womit die Erzbischöfe der Stadt gemeint sind, geht zurück auf das Jahr 1147. In diesem Jahr hatte Alfons der Eroberer Lissabon von der mehr als 400 jährigen Herrschaft der muslimischen Mauren befreit und die hier stehende Moschee wurde abgerissen. Damit ist Se Patriarcal das älteste Gotteshaus der Stadt.
Erdbeben und andere Gründe machten es nötig, dass im Laufe der Jahrhunderte immer wieder bauliche Veränderungen vorgenommen wurden. Dies führte dazu, dass die Kathedrale keinem bestimmten Baustil zuzuordnen ist. Der Romantikstil der Hauptfassade zum Beispiel resultiert aus dem Wiederaufbau nach einem Erdbeben im Jahr 1380. Die Rosettenfenster im gleichen Gebäudeteil stammen wiederum aus dem achtzehnten Jahrhundert. Das Erdbeben von 1755 ließ den gotischen Chor und weitere Gebäudeteile einstürzen. Wenn man durch das Hauptportal die Kirche betritt, befindet sich auf der linken Seite das Becken, in dem der Sage nach der heilige Antonius getauft wurde. Im Inneren der Kathedrale befinden sich gotische Gräber aus dem vierzehnten Jahrhundert, sowie eine Ausstellung mit antiken Fassadenüberresten.